一個法利塞人來見耶穌，他是尼苛德摩。他相信耶穌是從天主而來的師傅，只因為他所看見的神蹟。但他還未有真正的信德，只是對耶穌有些看法而已（2）。尼苛德摩代表了所有畏縮的基督徒，他們或多或少是資深的信徒，但不會向人提及自己的信仰，是因為怕顯露出來時，會損害自己的利益，或是影響自己的社會地位，或甚至可能危及自己的生命。
重生的奧秘（3-9）：耶穌鄭重地聲明：人必須重生，才能看見天主的國。這不只是一次簡單的改變或皈依，而是要求一種全面徹底的更新，是一個新生命的產生。尼苛德摩不能明白，因為他從生理角度去理解。耶穌便說明：重生的意思是相信祂。透過聖神賜予生命的能力，人得以重生，並孕育信德。聖神透過言語和神蹟深深地感動人心，使人欣然接納主的見證；聖神要產生新生命，並將新的眼光賜給人，使我們看見天主父和獨生子耶穌的國，以及這國的光榮。
救贖奧秘的啟示（10-21）：耶穌能講論這些奧秘，是因為祂熟悉這一切。沒有人去過天主在天上的居處，但惟有在天父懷中的耶穌熟悉這一切，並為了啟示這一切而降生成人。
這一段敘述也暗示戶21:6-9的故事：被高舉在木竿上的銅蛇，成為子民得救的標記。十字架上的耶穌基督是啟示的最高峰，在十字架上可以找到救贖。也要在十字架上，才可真正認識耶穌怎樣是天主子。衪也要在十字架上，吸引全人類歸向祂（8:28；12:32）。
第16節是整個對話的最重要時刻，是至高無上的表達：天父的愛啟動了整個救贖歷史。
其餘的經文明顯地談及審判。這審判不是等到末日才宣佈的判決，而是人類拒絕耶穌並與祂衝突時，所面臨的即時審判。天主派遣自己的獨生子來到世界，是為使人類獲得救贖。祂更賜人生命，這恩賜仍然等待人自由地接受，但必須懷有對耶穌的信德。若選擇對抗，等於自動放棄這生命。因此，面對耶穌的光，人類便分裂了：有些人寧願留在黑暗裏，而這個選擇導致他們受審判；其他的人接受耶穌基督真理，於是達到與祂共融結合，並獲得救恩。